La Scuola archeologica italiana di Atene è un organismo pubblico autonomo sottoposto alla vigilanza del Ministero per i Beni e le Attività Culturali (MIBAC) e del Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca  (MIUR).

La Scuola è governata dai seguenti organi:

il direttore della Scuola
il consiglio di amministrazione
il consiglio scientifico
il collegio dei revisori dei conti

l direttore della scuola è scelto dal Ministro dei Beni e delle Attività Culturali d'intesa con il Ministro dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca tra i professori di ruolo universitari di discipline storico-archeologiche attinenti al mondo greco.
Il direttore cura l'andamento scientifico e amministrativo della Scuola e ne ha la rappresentanza legale.

Il consiglio di amministrazione è composto da:
il direttore della Scuola che lo presiede
un rappresentante del MIBAC
un rappresentante del MIUR
un rappresentante del Ministero Affari Esteri
due esperti scelti uno dal MIBAC e uno dal MIUR
due componenti del consiglio scientifico eletti dal consiglio stesso
Il consiglio di amministrazione delibera in ordine al bilancio, alla stipula di convenzioni con università e istituti di ricerca, alla erogazione delle borse di studio.
Resta in carica tre anni.

Il consiglio scientifico è composto da:
il direttore della Scuola che lo presiede
i docenti della Scuola
uno specializzando eletto dagli specializzandi stessi
Il consiglio scientifico sovrintende all'attività didattica.
Resta in carica 3 anni.

Il collegio dei revisori del conti è composto da:
un rappresentante del Ministero del Tesoro che lo presiede
un rappresentante del MIBAC
un rappresentante del MIUR
Il collegio dei revisori dei conti controlla la gestione della Scuola.
Resta in carica tre anni.

Consiglio di Amministrazione:

Prof. Emanuele GRECO - Presidente

Prof. Francesco D’ANDRIA - MIUR - Università di Lecce

Prof. Emanuele PAPI - Rappresentante del Consiglio Scientifico

Arch. Antonia PASQUA RECCHIA - MiBAC - Segretario Generale

Prof. Patrizio PENSABENE - Rappresentante del Consiglio Scientifico

Dott.ssa Maria CANNATA - MEF - Direttore Generale

Prof. Nunzio ALLEGRO - MiBAC - Università di Palermo

Dott. Paolo SCARTOZZONI - MAE - Consigliere di Ambasciata

- In attesa di nomina rappresentante del MIUR

Consiglio Scientifico:

Prof. E. GRECO

Prof. V. ACHILLI

Prof. G. BEJOR

Prof.ssa R. FARIOLI CAMPANATI

Prof. L. GODART

Prof. M. LOMBARDO

Prof. P. MARCONI

Prof. E. PAPI

Prof. N. PARISE

Prof. P. PENSABENE

Prof. E. TORTORICI

Consiglio dei Revisori dei Conti:

Dott. Valerio AMICI - Presidente - MEF - Dirigente

Dott. Carlo GIACCHINO - MIUR - Dirigente

Dott. Raffaele SASSANO - MBAC – Dirigente